Le Syndicat mixte du bassin de Thau est né en 2005 à la demande de l’Etat. C’est une structure de gestion destinée à coordonner les politiques sur le territoire de Thau. Sa mission est de protéger la lagune de Thau afin d’assurer un avenir responsable au territoire.
Le rôle de l’Etat
Dès les années 90, l’Etat reconnait la valeur économique et environnementale du territoire de Thau. Le patrimoine naturel est d’une grande richesse, donc fragile, et qui doit être protégé. L’Etat souhaite qu’un cadre et un programme d’actions spécifiques soit établi en faveur de Thau. Cette volonté se traduit par plusieurs Contrats de milieux.
3 générations de Contrat en 20 ans
1990-1995 : Une grave crise sanitaire sur la lagune menace l’activité conchylicole. L’Etat décide alors d’élaborer le 1er Schéma de Mise en Valeur de la Mer français (SMVM). Il définit la conchyliculture et la pêche comme des vocations prioritaires sur la lagune.
Le 1er Contrat voit le jour. Etat et acteurs s’engagent dans un grand programme de travaux en matière d’assainissement.

1998-2003 : 2ème Contrat de Thau
Il poursuit la politique conduite en matière d’assainissement.
Une structure de gestion associative est créée à l’initiative de l’Etat pour coordonner les actions mais elle ne parvient pas à s’imposer.

2005-2009 : 3ème Contrat
Le Contrat Qualité pour la lagune de Thau engagé en 2005 est supérieur, en terme d’investissement, à la somme des 2 contrats précédents.
L’Etat et l’Agence de l’eau conditionnent leur participation à la création d’une véritable structure de gestion territoriale, regroupant les 2 intercommunalités récemment  constituées.
Le SMBT est créé le 14 janvier 2005 par arrêté préfectoral.
Il est doté de compétences en matière de planification, de gestion et d’aménagement du territoire et de gestion de l’eau à l’échelle du bassin versant.
Il constitue un véritable outil d’ingénierie territoriale : diagnostic, suivi, évaluation.